1906. gada olimpiskās spēles Atēnās izrādījās ārkārtas, jo tās rīkotāji neievēroja prasību par tradicionālu četru gadu pārtraukumu starp spēlēm. Šī iemesla dēļ Olimpiādi pat oficiāli neatzina Starptautiskā Olimpiskā komiteja.
1906. gada spēles tika rīkotas par godu pirmās olimpiādes desmitajai gadadienai, kas notika arī Atēnās. Lai vēl vairāk uzsvērtu saistību starp abiem notikumiem, olimpiādes organizatori izvēlējās tādu pašu sacensību shēmu kā 1896. gadā. Lielākoties sacensības notika Marmora stadionā.
Sākumā, kad no Grieķijas nāca priekšlikums rīkot olimpiādi 1906. gadā, SOK kategoriski noraidīja. Fakts ir tāds, ka līdz tam laikam olimpisko spēļu prestižs bija krities, un sabiedrība vairs neizrādīja savu bijušo interesi par tām. Lai novērstu olimpiskās kustības galīgo sabrukumu, bija jāveic pasākumi, un vairs nebija iespējams gaidīt līdz 1908. gadam. Un, lai arī SOK vēlāk atsakās atzīt 1906. gada olimpiskās spēles, to sauks par spēļu glābiņu, kas ļāva atgriezt sabiedrības un īpaši sportistu interesi par pasākumu, atbalstīt kustību un tās pašu ideju.
Grūtības sagādāja arī tas, ka saskaņā ar tradīciju olimpiāde bija jārīko dažādās pasaules valstīs, bet 1906. gadā pasākumu bija plānots rīkot Grieķijā, kas izraisīja SOK dalībnieku neapmierinātību. Tā vai citādi, bet 22. aprīlī notika grandiozā spēļu atklāšana. Tā kā plašsaziņas līdzekļi 1906. gada olimpiskajām spēlēm pievērsa lielu uzmanību, Atēnās ieradās daudz sportistu un viesu.
Pasākumu apmeklēja apmēram 900 sportistu no 20 valstīm, viņu vidū septiņas sievietes. 1906. gada olimpiādes ietvaros notika sacensības šādos sporta veidos: svarcelšana, grieķu un romiešu cīkstēšanās, paukošana, airēšana, burāšana, peldēšana, niršana, vieglatlētika, sola un ložu šaušana, riteņbraukšana un teniss. Diemžēl, tā kā SOK neatzina 1906. gada olimpiādi, visas balvas, kuras saņēma tās dalībnieki, bija nederīgas un turpmāk netika ņemtas vērā.
Olimpiādes noslēguma ceremonija notika 2. maijā. Pēc pasākuma tā rezultāti dažādās valstīs ilgi tika apspriesti, kas ievērojami palielināja sabiedrības interesi par spēlēm. Īpaši tas kļuva pamanāms 1908. gada olimpisko spēļu laikā Londonā, kurās piedalījās vairāk nekā 2000 sportistu.